Naruto: Ultimate Ninja Storm mantém muitos dos elementos de jogabilidade de capítulos anteriores da série Ultimate Ninja jogos. Ultimate Ninja Storm permitir aos jogadores combatê tridimensionais em ambientes, em oposição a duas dimensões dos planos anteriores.
Um dos novos recursos introduzidos à série em Ultimate Ninja Storm é "Despertar Mode", uma transformação que pode ser ativado quando um jogador perde uma certa quantidade de saúde durante uma partida. A exigência de saúde para cada personagem difere de acordo com o quão poderoso é a transformação. Uma vez ativado, o personagem ganha novas habilidades, velocidade e ataques mais fortes. Alguns dos personagens do jogo completamente ganho movesets novo depois de transformar. Com o d-pad, os jogadores podem usar itens predefinidos durante um jogo que quer prejudicar o adversário ou fornecer efeitos vários estados como o aumento do poder de ataque, ou diminuir a defesa do oponente. Os jogadores também são capazes de personalizar jutsu do seu personagem e escolher dois personagens de apoio para uso em uma partida. Voltando ao jogo das parcelas anteriores é "jutsu choque" modo, que é iniciada se os dois jogadores ativar seus ataques especiais ao mesmo tempo. Durante este modo, ambos os jogadores tem que pressionar a tecla correspondente o mais rápido possível, a fim de bater fora o seu adversário.
O jogo inclui 25 personagens jogáveis, cada um dos quais também podem ser usados como um caráter de apoio durante a batalha. [3] Dez adicional somente personagens de apoio estão disponíveis gratuitamente conteúdo para download liberado durante o período de cinco meses que se seguiram jogo será a liberação. download de conteúdos adicionais incluem trajes alternativos e novas missões.
O modo de história vagamente cobre os acontecimentos do anime até ao episódio 135. Os jogadores são capazes de explorar a Hidden Leaf Village entre as missões, que atua como um hub central para o modo de história, e acesso mais missões.